وأما مراجعات الجماعة الإسلامية فكانت مراجعات واقعية وشرعية انتهت إلى تأصيلهم للتخلي عن فكرة الصدام المسلح, مما نتج عنه ترتيب الملف الأمني والاتجاه نحو تصفية وضع المعتقلين في السجون -بحمد الله تعالى-, ولا شك أن كتب المراجعات الأربعة التي مثلت أصل المبادرة قد استندت إلى مفاهيم سلفية في الجملة في قضايا الأمر بالمعروف والنهي عن المنكر، ومراعاة المصلحة والمفسدة، والقدرة والعجز، والضرر المتعدي والضرر العام والخاص.

وكان موقف أعضاء جماعة الجهاد من مبادرة الجماعة الإسلامية هو الرفض المبدئي الذي وصل إلى درجة اعتبار التراجع عن وصف العمليات السابقة بالجهاد هو إنكار لمشروعية الجهاد بالكلية ولا يخفى الفرق بين الأمرين.

وقد أضاف هؤلاء إلى هذا الأمر أموراً وجدوا أنها تعضد رفضهم لمبادرة الجماعة الإسلامية ولأي مبادرة؛ غير إعلان وقف العمليات السابقة، منها:

بعض التهاون من بعض أفراد الجماعة بعد المبادرة بينما كانوا أكثر تمسكاً قبلها، وهذه نقطة ينبغي على قادة الجماعة الإسلامية أن ينتبهوا لها مع التسليم بأن القلوب بين إصبعين من أصابع الرحمن, ويجاب عن هذه النقطة بأن التلازم بين المبادرة والتهاون غير واضح، بل الكثيرون -بفضل الله- ما زالوا محافظين على التزامهم.

ومنها: اتساع مدى القبول للآخر عند الجماعة الإسلامية بعد المبادرة إلى قبول بعض الرموز العقلانية كالقرضاوي.

ومع أن الجماعة الإسلامية لا تقبل بكل آراء الشيخ القرضاوي إلا أنه يبدو أن تبنيهم لمبدأ المصلحة بعد أن كانوا مخاصمين له جعلهم يضعون القرضاوي في مكانة عالية على الرغم أن تطبيقه لقاعدة المصلحة يتجاوز الضوابط الشرعية السلفية لها, وهذا لعله أثمر نوعاً من التهاون لدى بعض الأفراد الذين ليست لديهم الملكة الموجودة عند القادة, وهذه قضية قد تحتاج إلى مراجعة من قادة الجماعة, إلا أنها ليست من لوازم المبادرة لكي يعلق قبول المبادرة أو رفضها عليها.

الحاصل أن مبادرة الجماعة الإسلامية ومطالبة البعض بمبادرة جهادية قد أشعل صداعاً فكرياً بين الجماعة الإسلامية والجهاد في السجون بعد ما وحدت بينهم سنوات المحنة, إلى أن استقر الأمر كالعادة بأن سار كل فريق فيما ترجح لديه، وهدأت المواجهات الفكرية حتى كانت تصريحات الدكتور أيمن الظواهري متحدثاً باسم القاعدة, والتي أعلن فيها انضمام أحد الإخوة السابقين في الجماعة الإسلامية إلى تنظيم القاعدة, والتي ألمح فيها إلى أسماء عدد آخر من رموز الجماعة الإسلامية يفهم المستمع إلى التصريح من ذلك أنهم انضموا أيضاً إلى القاعدة أو على أقل الأحوال هم من المعترضين على مبادرة الجماعة الإسلامية على رأسهم الدكتور عمر عبد الرحمن الذي ما زال أكبر رموز الجماعة الإسلامية رغم كونه سجيناً في أمريكا.